目前对于复方中药中的有效成分研究主要有三种思路：有效浸出物一有效部位(群)一有效成分、血清药物学和有效成分组学。     
有效浸出物一有效部位(群)一有效成分这种研究思路是现在大多数研究中药复方有效成分的科学工作者所采取的，侧重于从化学切入，将提取分离作为研究的入口。根据所研究的中药复方的临床疗效，建立与某一病症相对应的药理模型(一般来说为整体动物模型)，确定一种或多种药效作用的观测与评价指标。然后对复方及其各种提取分离部位进行活性追踪，确定某种药理作用的有效部位或有效成分，对于有效部位采用现代色谱分析技术确定其化学成分，并分析其质与量的变化与药效的关系，在一定程度上阐明复方组方的配伍规则及疗效机制。采用这种研究思路已经进行了银翘散、四逆散、清脑宣窍方、参芍心欣方、苦参汤、黄连解毒汤、葛根芩连汤等的有效部位研究。
   
还有一种与这种研究思路相类似的研究方法－组分中药，以整体动物人手，以组分为切入点，通过标准组分的分离，利用已有的体内体外的药理毒理模型对从中药复方或单味药材中提取分离的标准组分及其配方组分，进行药理活性筛选和毒性评价，寻找功能强、毒性低的功能组分，开发有确切疗效的功能组分配伍的现代中药。采用这种研究思路已经进行了四物汤及其配伍组分的研究。
   
这种研究思路由于大量地采取整体动物实验以及器官水平的活性筛选模型，不仅筛选模型单一，而且所需样品量大，加大了提取分离的工作量，耗费人力物力较大，致使有的学者因此而认为国情与现实说明中国不可能走西方发达国家创新药物的道路，花上数亿美元对数以万计的天然产物和合成化合物进行大规模筛选。然而事实上是现在我们完全有可能做到无需花如此巨额的经费就能够同样达到大规模筛选的目的，这就是高通量筛选。
   
在对中药进行现代化的研究过程中，不仅要求进行整体药效学的研究，还必须阐明其作用机制。因而采用这种研究思路进行整体动物实验后，还需要对作用机制进行进一步的研究。
   
这种研究思路还存在着一点不足，即是它对于中药复方的提取分离方式。从有效浸出物至有效部位这一步一般采取用不同极性的溶剂进行萃取的方式，也有用大孔吸附树脂方式去除非活性成分的。采用萃取法不易将中药复方中不同化学类型的有效成分充分汇集在一起，从而造成了一些有效成分的损失，另外也可能将起辅助治疗作用的成分作为无效成分去除，这样从某种意义上来说失去了组方的意义。而采取大孔吸附树脂分离方式的研究中，研究者也并未重视活性成分中的有效成分与其他种类成分的区分。所以，这样研究出的新型中成药虽然具有确切的疗效，应该说其成分还未达到真正意义上的复方中药发挥疗效的全部有效成分，而且要真正阐明复方的组方理论还需要做进一步的工作。

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